Das ursprüngliche Straßendorf Michelrieth wurde seit dem 9. Jahrhundert von der Abtei Fulda und der dazu gehörigen Propstei Holzkirchen beherrscht. Später kamen als bestimmende Kräfte dazu das Augustiner-Chorherrenstift Triefenstein, das seit dem Jahr 1102 bestand und die Kartause Grünau ab 1328. Ab dem 12. Jahrhundert verleibten die Grafen von Werthein als Vögte auch Michelrieth ihrem Herrschaftsgebiet ein. Nach deren Aussterben im Mannesstamm und den folgenden Erbauseinandersetzungen wurden die Grafen von Löwenstein-Wertheim bestimmende Macht. Zeugnis davon gibt der rote Löwe im Wappen. Dem Stift Triefenstein angegliedert war das Kirchspiel Michelrieth, das 1390 schon unter den Wertheimer Grafen aus der Pfarrei Kreuzwertheim herausgelöst worden war. Mit der gesamten Grafschaft wurde nach 1522 die Pfarrei Michelrieth für die Reformation gewonnen und fortan erhielt sich die Bindung an das evangelische Bekenntnis. Bis 1848 blieben die Löwenstein bestimmende Kraft in Michelrieth. Seit 1814 gehören die Grafschaftsorte zu Bayern; seit 1976 ist Michelrieth Stadtteil von Marktheidenfeld.